钼酸钠是耐腐蚀的金属，对人体基本是无害的，经检测钼酸钠对人体的皮肤等部位是无害的，它的毒性比铬酸盐小1000倍，所以用钼酸钠作腐蚀剂代替有毒的致癌的亚硝酸盐、铬酸盐，从而使它成为环保界备受欢迎的物质。
钼酸钠用于测定生物碱和苷。测定磷肥过磷酸钙的全磷和有效磷含量。检验无蛋白血滤液和血清蛋白。腐蚀抑制剂。单倍体育种中配制H培养基、T培养基、改良尼许培养基、MS培养 基、RM培养基。制造颜料。